「水性木部用下塗りシーラー透明」の取り扱い上の注意欄に「木目を生かす透明仕上げの場合、本品の塗装は不向きです。」と書いてありますが、どういう意味でしょうか?密着性が悪いという意味でしょうか?

「木目を生かす透明仕上げ」は、木部に浸透することで仕上がるステイン、木部の艶出しに使用するニスやワックス、ウレタンクリヤーなど木部に透明な塗膜を形成するウレタンクリヤーがあり、いずれも木の肌が見える状態で仕上がります。
これに対し「水性木部用下塗りシーラー透明」は、木目を活かさず完全に色付けするペンキ仕上げ専用の下塗り塗料です。「木目を生かす透明仕上げ」の場合、本製品の塗装は必要がないため、このような表記をさせていただいております。

「水性ウッディガード」は、防腐剤の入ったデッキに使用できる水性ステインなので、屋内にも使用できますか?

屋外用に設計された塗料です。屋内での使用には適しておりません。